後鳥羽上皇の没後、かつての離宮だった水無瀬殿の跡に、上皇を祀って1240年建立された。境内には環境庁認定の「全国名水百選」に選ばれた「離宮の水」があり、名水を求めて訪れる人が絶えない。千利休も好んで使ったとされるこの水は、淀川の支流、天王山を源とする水無瀬川の伏流水。境内の茶室・燈心亭（国指定重要文化財）では毎年、三千家（表・裏・武者小路）、山田宗扁流の各家元によって、この井戸水を使った献茶式が催される。国宝の「紙本著色後鳥羽天皇像」や「後鳥羽天皇宸翰御手印置文」をはじめとする文化財などがあり、また参道正面の神門に残された手形は、社殿に祀られた名刀を盗みに入ろうとした時に石川五右衛門が残したとされる。