1545年（天文14年）春、このあたりに病が流行し、病勢はなかなか止まらなかったが、こちらの神社の祈祷（きとう）した護札の効力があったため、庶民の崇敬を集めた。しかし天正年間（約400年前）の騒乱に際に社房は焼失してしまった。 その後、三谷之荘内に種々の争論が起こったが、荘内に祭ってある神々を合祀することにより、荘内がまとまり争論がおさまり、今の地に、社殿を建て荘中の総社としたのが、今の種河神社の由来である。 春には約100本の桜がここに咲き乱れ、家族連れなどで賑わう。