この寺は今から約1000年前の平安時代、998年（永延12年）に第64代円融法皇（えんゆうほうおう）が延暦寺（えんりゃくじ）の僧法圓（ほうえん）に命じて建立されたが、南都北嶺（なんとほくれい）の戦にて一度焼失していた。その後、1228年（安貞2年）園城寺の僧、俊圓が第86代後堀河天皇の勅願を仰いで再興したが、1614年（慶長19年）再び焼失。現在の佛閣は240年程前のものである。雁多尾畑（かりんどおばた）という地名は、焼失した雁林堂（がんりんどう）に由来している。