紀州徳川の藩祖頼宣公が天和年中に旧境内本殿の跡へ石の宝殿を建て、「小田神社」と刻して後世に伝えさせたものがご神体となり現在に至っています。社名は地名に基づくものではなく、大和から移り住んだ小田連公の氏族名から付けられた名で、その建立は約１４００年前と伝えられています。