駒場博物館は美術博物館と自然科学博物館で構成されている。　駒場博物館 の建物は、教養学部の前身である旧制第一高等学校の図書館として建てられた由緒あるもの。　美術博物館の展示室は１階、自然科学博物館の展示室は２階にあり、それぞれの個性を生かしつつ連携し、定期的に共催の展覧会を催すなど、文系・理系の垣根を越えた活動を行っている。