縄文時代前期初頭（約6千年前）から約4千年間にわたって営まれた長期定住型遺跡・土器・石器・木製品・柱根・イルカ骨など展示してあります。平成16年5月には「真脇遺跡体験村」が併設され、火起こしや土器づくり・古代米を使ったおはぎ等、縄文時代を再現できる取り組みが充実しています。子供から大人まで楽しめる博物館です。