古代河内で勢力をもった額田首（ぬかたおびと）の子孫といわれる高内正定（たかうちまささだ）が織田信長に従い大坂石山本願寺との戦いに参加した後、その戦没者の霊を弔うために慶長２年（１５９７年）に建立しました。高内正定の法名、浄翁玄清居士から玄清寺と名づけられました。