創建時期は定かでないが、神武天皇が東征の成就を祈願したとのいい伝えが残る古社。仲哀天皇2年（200）、神功皇后がこの地に行啓した際、突然、清水が湧き出した。皇后はこれを喜び、霊泉として祀ったことから、この地を「和泉」と呼ぶようになったという。また豊臣秀吉はこの和泉清水の水を大坂城まで運ばせ、茶の湯に用いたとも伝えられる。霊亀2年（716）、和泉監（いずみのげん）が置かれ、この地が地方政治の中心地となった時、泉井上神社の傍らに、和泉五社（五社大明神：大鳥／泉穴師／聖／積川／日根）を合祀した和泉国総社が建立された。泉井上神社の本殿北には、慶長10年（1605）、豊臣秀頼によって再建された五社総社の社殿が残り、国の重要文化財に指定されている。