県内最古の木造建築物といわれ、平屋建寄棟造りの簡素ながら調和のとれた様式で、オノによる荒削りの木材を利用しています。 月輪寺境内にある堂は、桁行五間（12.27ｍ）、梁間四間（9.82ｍ）、一重寄棟造り茅葺の建物です。 寺伝によると、1189年（文治5年）俊乗坊重源がこの地に来て、藤原兼実（月輪殿）の助力を得て薬師堂を再興したとされています。