国指定史跡「原城跡」より出土した遺物を中心に展示を行っている。主な出土品として、陶磁器(国産品および貿易品)、装飾瓦（龍瓦）、豆板銀、硯(すずり)などの道具類、キリシタン関係遺物(メダイ・ロザリオ・クルス)、島原天草一揆に用いられた砲弾および銃弾を展示している。　このほか、発掘調査当時の写真パネルによる展示、幕府軍によって埋め尽くされた本丸正門や、調査で発見された一揆群の人骨のレプリカ展示なども行っている。　また、国指定史跡である「日野江城跡」や「吉利支丹墓碑」の関連展示も行っている。