市民の産土神として崇敬を集め、“平戸くんち”の際には、様々な神事がとり行われます。特に国指定重要無形民俗文化財「平戸神楽」全24番が奉納される大大神楽は年に一度、この亀岡神社でのみ奉納されます。　社宝の「環頭の太刀」は、国の重要文化財に指定され、平戸城に展示されています。