日蓮宗の寺である。由緒について「寺院明細帳」や寺伝を総合すると、はじめは北中村の淀にあって真言宗の大日堂であった。明応2年(1493)妙興寺四世日法人の教化によって日蓮宗に改宗、寺号も妙蓮寺と改めた。そして享禄元年(1528)にこの地に移ったと記されている。