キリシタン布教の中心であった南蛮寺があったとされ、その跡地にこの正覚寺が建立された。南蛮寺は天正17年（1589年）上津浦城主ホクロン殿が建立。最盛期には3,500人を超す人が上津浦城主の庇護のもとにキリシタンへ帰依した。本堂改築の際には、ＩＨＳと干（かん）十字の入ったカマボコ型のキリシタン墓石が発見された。杉並立に包まれた境内には、キリシタンの信者が植え付けたともいわれる樹齢400年の南蛮樹（ナギの木）が今に残る。