織田信長による焼き討ち後、天正14年(1586)に再建され、東本宮本殿と並び日吉造（聖帝造）の代表作。切妻造の母屋の前面と両側面に庇をめぐらすという、全国でも日吉大社にしか見られない特殊な平面構成。