天智天皇が大津京鎮護のため、長等山の岩倉に須佐之男大神を祀ったのが始まりです。その後、智証大師円珍が日吉大社を合祀し、貞観2年（860）に園城寺（三井寺）の鎮守としました。本殿は正面五間の構造で類例の少ない社殿であり、市指定文化財の楼門は明治38年（1905）の完成ですが、中世の古い様式にのっとった見事な造りです。